Auch im Bereich Wertpapierdepot ist ein Vergleich heute auf jeden Fall empfehlenswert, weil die Konditionen sich zwischen den Banken und Brokern teilweise erheblich unterscheiden. Um einen Depot Vergleich so effizient wie möglich durchführen zu können, sollte man auf verschiedene Dinge achten. Die meisten Verbraucher machen leider den Fehler, im Rahmen von einem Wertpapierdepot Vergleich lediglich auf die Kosten der Depotführung zu achten und diese zu vergleichen. Oftmals ist das allerdings heutzutage nicht mehr notwendig, da vor allen Dingen die Online Broker, und in diesem Bereich speziell die Discount Broker, ohnehin fast durchweg keine Depotgebühren verlangen. Falls dennoch Depotgebühren berechnet werden, dann geschieht das nur für den Fall, dass man ein Minimum an Trades in einem bestimmten Zeitraum nicht erfüllt. In dem Fall werden üblicherweise Depotgebühren von durchschnittlich zwei Euro im Monat berechnet. Auch bei den Filialbanken ist die Depotgebühren selten höher als 30 Euro im Jahr.
Es geht im Hinblick auf die fixen Depotgebühren bei einem Depot Vergleich also im Grunde maximal um eine Mehrzahlung von jährlich 30 Euro. Viel wichtiger ist es daher, neben dem Wertpapierdepot die jeweiligen Ordergebühren des Anbieters zu vergleichen. In diesem Bereich können nämlich mitunter pro Order (Handelsauftrag) Differenzen von bis zu 20 Euro entstehen, sodass die Jahresdepotgebühr demgegenüber eher zweitrangig ist. Im Bereich der Ordergebühren gibt es sowohl große preisliche Unterschiede als auch Unterschiede im Hinblick auf die Zusammensetzung der Gebühren. Auch diese „Feinheiten“ sollte man beim Wertpapierdepot Vergleich berücksichtigen. Bei manchen Anbietern sind beispielsweise in den Ordergebühren bereits die fremden Gebühren (Börsengebühren) enthalten, bei manchen Anbietern kommen diese noch hinzu.
Alles in allem gibt es heutzutage bei den Ordergebühren eine sehr große Spanne. Der günstigste Discount Broker verlangt derzeit beispielsweise knapp sieben Euro für eine Order, während manche Filialbanken noch 25 Euro oder mehr für eine Order berechnen. Bei einem Vergleich ist daher der Schwerpunkt auf die Ordergebühren zu legen, wobei die Depotgebühren natürlich nicht ganz vernachlässigt werden sollten, denn immerhin kann man in diesem Bereich auch bis zu 30 Euro im Jahr sparen. Da manche Broker auch so genannte Order-Pakete anbieten, also beispielsweise die Ausführung von 20 Aufträgen zum Festpreis von zum Beispiel 100 Euro, sollte man stets die eigene Orderanzahl berücksichtigen, die man durchschnittlich im Jahr in Auftrag gibt. Solche Pakete rentieren sich in der Regel ab einer Anzahl von jährlich 50-100 Orders.